La fondation peut être dissoute sur décision du conseil d'administration ou du conseil de surveillance, après 2 délibérations, réunissant au moins la moitié des membres. Ces 2 délibérations doivent être prises dans un intervalle de 2 à 9 mois l'une de l'autre et à la majorité des ¾ des membres présents ou représentés.
Toutefois, une seule délibération suffit lorsque la modification est décidée à l'unanimité des membres présents ou représentés réunissant un quorum des ²/₃ des membres.
La demande de dissolution d'une FRUP doit être faite par voie électronique :
Ministère de l'intérieur : transmission des pièces pour les ARUP et FRUP
dossiers-arup-frup@interieur.gouv.fr
La demande de dissolution d'une FRUP doit être accompagnée d'un ensemble de documents.
La fondation peut également être dissoute en cas de retrait de la reconnaissance d'utilité publique.
La dissolution fait l'objet d'un décret.
Lors de la dissolution, les sommes et les biens qui n'ont pas été utilisés ne peuvent pas être repris par les fondateurs. Ils doivent être confiés à une autre fondation ou à une association, poursuivant un but comparable ou compatible.